Biserica si Manastirea Romano-Catolica Franciscana din Cluj-Napoca se afla in actuala Piata Muzeului nr. 2, fiind unul din edificiile cele mai vechi si semnificative clujene.

Initial pe acest loc a existat o mai veche biserica romano-catolica, prima din Cluj, ridicata in sec. XI-XII, dar distrusa in timpul primei invazii a tatarilor (1241). Dupa distrugerea acesteia, pe locul ei a fost ridicata in perioada 1260-1290 actuala biserica.

Lacasul de cult a fost proiectat intr-un stil romanic tarziu. Se presupune ca la inceput ea a fost o parohie mica, primita in folosinta de calugarii romano-catolici benedictini la 1390. In 1442 benedictinii au initiat o serie de masuri de dezvoltare a parohiei: biserica a fost largita (lucrari in stil gotic) si a fost ridicata o manastire langa biserica, cu sprijinul guvernatorului Ioan de Hunedoara.

Odata cu alungarea ordinelor religioase catolice de catre protestanti in martie 1556, cladirea manastirii nu a mai fost folosita cu scop religios. Pana in 1557 in cladire a locuit regina Ungariei Izabella, dupa care lacasul a fost transformat in scoala (unitariana din 1568). Din 1609, conform cu dorinta principelui Gabriel Báthory, cladirea a fost donata cultului reformat-calvin. In 1693 a fost instaurata dominatia Casei de Habsburg, iar biserica si manastirea au fost retrocedata Bisericii Romano-Catolice, ele fiind folosite de iezuiti. Acestia vor infiinta in cladire o scoala proprie. Scoala iezuitilor a functionat aici pana in anul 1725, cand iezuitii au finalizat constructia propriului colegiu si a propriei biserici (Biserica Universitatii din Cluj, Convictus Nobilium din Cluj), fapt care a facilitat revenirea franciscanilor in oras.

Odata cu anul 1728 franciscanii initiaza o campanie de restaurare a bisericii in care construiesc turnul din fatada vestica in stil baroc si refac interiorul prin boltiri tipice baroce la o cota mai joasa decat vechea acoperire gotica prabusita la acel moment.

Altarul baroc al iezuitilor a fost mutat in Biserica Franciscana din Medias, unde se afla pana in prezent.

Din 1898 in fata bisericii se afla amplasat Obeliscul Carolina, dupa mutarea sa din Piata Unirii.

In interiorul manastirii se afla o biblioteca vestita a franciscanilor, colectie care depasea o mie de volume. In perioada anilor 1906 - 1948 in manastire a functionat tipografia Sfanta Bonaventura, care tiparea diverse reviste religioase („Lumea catolica”, „Sfanta Cruce”, s.a.).

Ultimele restaurari ale edificiului au fost efectuate in perioada 1976-1978, urmate apoi de altele in 1980-1986. Cu aceste ocazii au fost redescoperite o serie de elemente gotice ale lacasului. In 1949 lacasul a fost confiscat franciscanilor, dupa ce autoritatile comuniste au decis sa dizolve ordinul franciscanilor in Romania. Doar dupa 1990 biserica a revenit in proprietatea ordinului romano-catolic franciscan, impreuna cu o parte din vechea manastire. Dupa ce autoritatile comuniste au desfiintat ordinele religioase, cladirea manastirii a adapostit „Scoala de Muzica”, devenita ulterior „Liceul de Muzica Sigismund Toduta”, care exista si astazi.